江戸末期、万次は坂本龍馬と共に京を訪れる。
池田屋の戦いを経て、攘夷派の勢いは失速。
万次は中岡慎太郎の手引きで長州へ向かうと、稀代の革命家・高杉晋作の藩内クーデターに協力し、見事成功に導く。
一方、医師の綾目歩蘭は江戸城地下に侵入。
意を決して万次の「オリジナルの」右手を焼却し、横浜港から国外逃亡を図る。
そして数ヵ月後、薩長同盟が成立し、その立て役者であった龍馬はいよいよ命を狙われる身となるのだった。