江戸末期、万次は坂本龍馬と共に京を訪れる。
池田屋の戦いを経て、攘夷派の勢いは失速。
万次は中岡慎太郎の手引きで長州へ向かうと、稀代の革命家・高杉晋作の藩内クーデターに協力し、見事成功に導く。
すると、京都見廻組・佐々木只三郎の率いる精鋭部隊「挽斃連」が万次を捕縛すべく動き出す。
佐々木の剣技は凄まじく、万次は手足を斬り落とされ敗走。絶体絶命の窮地に陥ると、佐々木の「正体」が明らかになり始めた。