江戸末期、万次は坂本龍馬と共に京を訪れる。
待ち構えていたのは「逸番隊」なる部隊を操る新選組だった。
池田屋の戦いを経て、攘夷派の勢いは失速。
新選組は万次と龍馬を殺害すべく、不死身の怪物へと転生させた芹沢鴨を出撃させた。
ともに「四大人斬り」である岡田以蔵と河上彦斎も加わり、頂上決戦は白熱の一途を辿る。
そして舞台は京の市中へと移り、ついに「禁門の変」が勃発。やがて土佐では武市半平太が切腹の日を迎えた。