死なない新生物・亜人にしてテロリストである佐藤は入間基地を占拠し、戦闘機で国内の重要施設に超高速の波状攻撃を仕掛ける！
対亜人特選群と共闘関係を結んだ永井圭は極限状態の中、佐藤に対抗しうる作戦を立案！
下村、田中、秋山、中野らとの共同作戦は佐藤を戦わずして封じ込めるというものだった！
戦火が拡大する入間基地の永井を援護すべく海斗も参戦する！
だが、海斗が銃撃されたのを目の当たりにした永井はフラッド現象を発現してしまう。
佐藤も同調して大量のIBMが入間基地を埋め尽くした。
そして、基地に向かうオグラ・イクヤ博士の口から亜人誕生の瞬間が語られる。
入間基地を脱出して国外への逃亡を図る佐藤を足止めするために永井は全力を尽くす。
そして、永井と佐藤との因縁の対決についに終止符が打たれる!!