新世代の亜人達が現れた！
第3ウェーブ突入を宣言した亜人テロリスト佐藤のシンパに亜人が複数人存在し彼らのIBMが中野攻、下村泉達へ襲いかかる。
入間基地を占拠し、さらに首相を拘束した佐藤は「2時間でこの国の主要機関をすべて沈黙させる」と宣言し、戦闘機に乗り込み超高速の波状攻撃を仕掛ける！
対亜人特選群と共闘関係を結んだ永井圭は極限状態の中、佐藤に対抗しうる作戦を立案！
実行に必要なのは時間と仲間だ！